Dengan demikian, Raden Bagus Assra dianggap sebagai penemu sekaligus pendiri wilayah Bondowoso.
Belanda yang sudah lama memasukkan wilayah itu sebagai kekuasaannya kemudian melepaskan wilayah baru Bondowoso itu dari Besuki.
Bondowoso lantas dikukuhkan sebagai pemerintahan mandiri dengan status Keranggan Bondowoso.
Raden Bagus Assra atau Mas Ngabehi Astrotruno lantas diangkat sebagai penguasa wilayah sekaligus pemimpin agama pada 17 Agustus 1819.
Nama Bondowoso sendiri tidak dapat dipisahkan dari kondisi wilayahnya serta pembabatnya yaitu Raden Bagus Assra.
Wilayah Bondowoso berupa dataran tinggi yang dikelilingi gunung dan bukit.
Oleh para peneliti, Bondowoso ini dipercaya menyimpan aset peninggalan zaman megalitikum.
Diketahui, Bondowoso memiliki situs megalitikum yang disebut-sebut sebagai kekayaan emas kota ini.
Berdasarkan data hingga tahun 2018, total ada 1.215 situs megalitikum yang tersebar di seluruh kecamatan.
Meski demikian, ribuan situs itu masih perlu diteliti lebih jauh terkait usia dan penjelasan rinci lainnya.
Pada tahun 2018 pula, Bondowoso dideklarasikan sebagai Kota Megalitikum, mengingat banyaknya benda peninggalan megalitikum di kabupaten ini.
Nama Bondowoso sendiri diyakini erat kaitannya dengan kata Wanawasa yang artinya hutan belukar.
Dalam Babad Bondowoso Pupuh X Pangkur, bati ke-12 terdapat kata Wanawasa. Sedangkan pada bait 2 Pupuh X ada dua kata yaitu Bandawasa dan Wanawasa secara berdampingan.
Wanawasa berasal dari dua kata, yaitu wana dan wasa. Wana artinya alas atau hutan, sedangkan wasa diduga berasal dari kata wis dalam bahasa Sansekerta yang artinya masuk.
Jadi wana wasa berarti masuk hutan, buka hutan, atau berkediaman di dalam hutan. Kata ini merujuk pada Raden Bagus Assra yang membuka dan mengembangkan kota yang awalnya hutan belukar.